En Debian editar el archivo /etc/apache2/mods-available/fcgid.conf

FcgidIdleTimeout 40
FcgidProcessLifeTime 30
FcgidMaxProcesses 20
FcgidMaxProcessesPerClass 8
FcgidMinProcessesPerClass 0
FcgidConnectTimeout 30
FcgidIOTimeout 45
FcgidInitialEnv RAILS_ENV production
FcgidIdleScanInterval 10

Para ampliar el tiempo de ejecución a 3 minutos modificar el parámetro FcgidIOTimeout 180 

En Plesk (CentOS) la ruta del archivo es /etc/httpd/conf.d/fcgid.conf